Stanovení se provádí v plazmě (antikoagulans EDTA, citran) nebo v séru. Doporučuje se skladovat vzorky při
2 - 8 °C.
Stanovení ruší hemolýza. Odběr nelze provádět do heparinizovaných zkumavek. Vzorky se údajně nesmí zamrazovat, nicméně v Tietzovi je doporučeno dlouhodobé skladování při -70 °C. Pro analýzy ELISA možnost skladování při -20 °C 3 měsíce.
Zvýšené hodnoty jsou v těhotenství a u kuřáků.
Pro stanovení apolipoproteinu E se používá imunonefelometrie, enzymová imunoanalýza (ELISA výtěžnost
88 – 110 %, reprodukovatelnost CV v sérii 4,6 % a mezi sériemi 7,7 %), radioimunoanalýza
a elektroimunoanalýza. Radiální imunodifuze je již obsolentní metodou. Pro fenotypizaci lze použít izoelektrickou fokuzaci na polyakrylamidovém gelu buď přímo nebo po imunoblotingu, resp. imunofixaci.
Genotypizace má lepší rozlišitelnost polymorfismu a využívá PCR reakce k amplifikaci a následně restrikčních endonukleáz a elektroforézy vzniklých fragmentů na polyakrylamidovém gelu. Levnějším koncovým krokem je diagonální gelová elektroforéza na mikrotitračních destičkách (MADGE). Řada těchto metod ale není schopna rozlišit vzácné mutace Apo E. Rozdíly mezi výsledky při fenotypizaci a genotypizaci jsou 5 – 20 %.
Výsledky stanovení apolipoproteinu E snižují: heparinem indukovaný extrakorporální LDL, glukóza aj.
Výsledky stanovení apolipoproteinu E zvyšují: bilirubin, vitamin E aj.