ISOCITRATE DEHYDROGENASE, somatic mutations, gliom, glioblastom

K vyšetření je třeba řez tkáně zalité v parafinovém bločku nebo tkáň nativní.  

Vyšetření se provádí z DNA extrahované z parafinového bločku po deparafinizaci. Nejčastěji jsou založené na práci s extrakčními mikrokolonkami. DNA se po izolaci charakterizuje fluorimetricky nebo pomocí real-time PCR. Pro dlouhodobější (déle než týdenní) uchování DNA se používá zamrazení vzorku DNA.

Cíl vyšetření: vyloučení či potvrzení mutací v kodonech 100 a 132 genu IDH1 a v kodonu 172 genu IDH2 u osob s gliomem nebo glioblastomem pro určení prognosy onemocnění..  

Přístup z OMIM katalogu (Online Mendelian Inheritance in Man): 147700                   

CE-IVD soupravy využívají zejména real-time PCR nebo některou ze sekvenačních metod.  

Součástí reakční směsi pro real-time PCR jsou hybridizační sondy specifické ke zdravé (normální) a mutované alele. Pokud se vyšetření provádí v jedné zkumavce, jsou obě značeny na 5´- konci odlišným fluoroforem (např. FAM a JOE). Na 3´ konci sond je umístěn tzv. zhášeč (quencher). Při PCR je sonda hybridizována na příslušný DNA templát na základě komplementarity a poté hydrolyzována exonukleázovou aktivitou DNA polymerázy. Uvolněný fluorofor příslušného typu lze detekovat jako fluorescenční záření o specifické vlnové délce. Jelikož obě sondy jsou vybaveny fluorofory o jiných emisních maximech, lze na základě výsledné emise určit genotyp vyšetřovaného jedince podle vlnových délek fotonů zachycených na detektoru.

CE-IVD souprava by vždy měla obsahovat kontrolní vzorky se známým genotypem. Ideální jsou soupravy obsahující kontroly s různými typy mutací a kontrolu bez DNA templátu (demineralizovanou vodu).

Nebyly popsány, zásadní je stupeň degradace DNA působením fixativa (formaldehyd).