Nucleophosmin, mutace typ A (956dupTCTG), typ B (960insCATG), typ C (960insCGTG), D (960insCCTG), akutní myeloidní leukémie

K vyšetření je třeba vzorek venózní krve (10 ml) odebrané do vakuované plastové zkumavky s EDTA. Stabilita RNA v biologickém materiálu pro toto vyšetření je udávána do 24 hodin po odběru při teplotě 20-25 °C, materiál se nesmí zamrazovat! CE-IVD soupravy by měly být současně vhodné také pro vyšetření z kostní dřeně. 

Vyšetření se provádí z RNA extrahované z buněk bílé krevní řady manuálními nebo automatizovanými postupy. Nejčastěji jsou založené na práci s guanidiniovou solí (Trizol) a extrakčními mikrokolonkami. RNA se po izolaci charakterizuje spektrofotometricky, fluorimetricky nebo elektroforeticky. Pro dlouhodobější (déle než týdenní) uchování RNA se používá proces reverzní transktipce a tvorba cDNA.

Cíl vyšetření: potrvzení přítomnosti jedné z mutací v NPM1 genu u osob s akutní myeloidní leukémií a její monitorování v průběhu léčby AML.    

Přístup z OMIM katalogu (Online Mendelian Inheritance in Man): 164040

Soupravy jsou založené na real-time PCR pracující na principu hydrolyzačních sond. Jde o kvalitativní či kvantitativní soupravy. U druhého typu jsou součástí soupravy kalibrační standardy. Při kvantifikaci se výsledek normalizuje na expresi genu ABL. 

Sondy jsou značeny na 5´- konci fluoroforem (např. sondy FAM a JOE). Na 3´ konci sond je umístěn tzv. zhášeč (quencher). Při PCR je sonda hybridizována na příslušný cDNA templát na základě komplementarity a poté hydrolyzována exonukleázovou aktivitou DNA polymerázy. Uvolněný fluorofor příslušného typu lze detekovat jako fluorescenční záření o specifické vlnové délce.  

Popisovány jsou interference heparinu použitého jako antikoagulační činidlo, hemu při hemolytickém vzorku, residua organických rozpouštědel a solí v DNA extraktech, extrémně vysokých koncentrací dvojmocných kationtů. Výsledky nelze uzavřít v případě falešné negativity a falešné pozitivity výsledku PCR. Vyšetření nelze často provést z krve při aplastické anémii, imunosupresi před transplantací kostní dřeně, apod.