FANCD1 GENE;  FANCD1

K vyšetření je třeba vzorek venózní krve (2-5 ml) odebrané do vakuované plastové zkumavky s EDTA. Stabilita DNA v biologickém materiálu pro toto vyšetření je obvykle 72 hodin při teplotě 20-25 °C, 7 dní při teplotě 4-8 °C a 3 měsíce při teplotě -20 °C. 

Vyšetření se provádí z DNA extrahované z biologického materiálu manuálními nebo automatizovanými postupy. Nejčastěji jsou založené na práci s extrakčními mikrokolonkami, vysolení DNA či fenol/chloroformové extrakci. DNA se po izolaci charakterizuje spektrofotometricky, fluorimetricky nebo elektroforeticky. Pro dlouhodobější (déle než týdenní) uchování DNA se používá zamrazení vzorku DNA.

Cíl vyšetření: identifikace mutací v kódujících oblastech genů BRCA1 a BRCA2 v souvislosti s rizikem rozvojer rakoviuny prsu, ovárií a dalšími souvisejícími nádory.  

Přístup z OMIM katalogu (Online Mendelian Inheritance in Man): 113705, 600185

Jedná se o jednu z prvních CE-IVD aplikací vyšetření pomocí sekvenování nové generace (next generation sequencing). Základem je sekvenování amplikonů. Multiplexní reakce zahrnuje 93 amplikonů pro kompletní pokrytí kódujících sekvencí obou genů. Výrobci modifikují parametry souprav podle typu používané sekvenační technologie - 454, Ion Torrent nebo Illumina. Cena soupravy zahrnuje amplifikační část, ostatní položky se objednávají zvláš
e (sekvenační a purifikační soupravy, kvantifikační fluorescenční standardy, apod.)

Popisovány jsou interference heparinu použitého jako antikoagulační činidlo, hemu při hemolytickém vzorku, residua organických rozpouštědel a solí v DNA extraktech, extrémně vysokých koncentrací dvojmocných kationtů. Výsledky nelze uzavřít v případě falešné negativity a falešné pozitivity výsledku PCR. Vyšetření nelze často provést z krve při aplastické anémii, imunosupresi před transplantací kostní dřeně, apod.