|
Popis vyšetření: Haplotyp A3/A1v genu EPCR
Zařezeno v kategoriích: Synonyma:
PROCRm endoteliální receptor pro protein C, A3 haplotyp, A1 haplotyp
Preanalytická fáze:
K vyšetření je třeba vzorek venózní krve (2-5 ml) odebrané do vakuované plastové zkumavky s EDTA. Stabilita DNA v biologickém materiálu pro toto vyšetření je obvykle 72 hodin při teplotě 20-25 °C, 7 dní při teplotě 4-8 °C a 3 měsíce při teplotě -20 °C. Většina CE-IVD souprav jiný materiál k vyšetření nepřipouští. Přesto lze vyšetření provádět za optimalizovaných podmínek také ze vzorku kostní dřeně, buněk bukální sliznice, vlasových kořínků a v dalších materiálech, kde se nacházejí jaderné buňky nebo z nich uvolněná DNA. Vyšetření se provádí z DNA extrahované z biologického materiálu manuálními nebo automatizovanými postupy. Nejčastěji jsou založené na práci s extrakčními mikrokolonkami, vysolení DNA či fenol/chloroformové extrakci. DNA se po izolaci charakterizuje spektrofotometricky, fluorimetricky nebo elektroforeticky. Pro dlouhodobější (déle než týdenní) uchování DNA se používá zamrazení vzorku DNA.
Poznámky k analytické metodě:
Cíl vyšetření: Vyšetření je prováděno v rámci panelu genetických markerů zvýšeného rizika trombofilních stavů. Jedná se o vyšetření dvou mutací v genu, a to A4600G a G4678C. Haplotyp A3 je spojován s vyšší koncentrací EPCR v plasmě, naopak haplotyp A1 se projevuje opačně a je mírně ochranný význam z hlediska endotelu žilního systému. Přístup z OMIM katalogu (Online Mendelian Inheritance in Man): 600646 CE-IVD soupravy využívají zejména hybridizační metody. Reverzní hybridizace: Před PCR je jeden z primerů na 5´- konci označen biotinem. Po amplifikaci je amplikon denaturován a přidán v roztoku k nitrocelulózové membráně (nejčastěji tvaru úzkého proužku o rozměrech několika centimetrů), na kterou byly výrobcem ukotveny jednořetězcové neznačené sondy jak pro zdravou sekvenci, tak pro vyšetřovanou mutaci. Při následné inkubaci dochází k hybridizaci a vyvázání DNA z roztoku na membránu. Po vymytí nespotřebované DNA je přidán komplex streptavidinu s enzymem (alkalická fosfatáza nebo peroxidáza). Při inkubaci se na membráně ve specifických místech vytvoří "sendvič", který je složen z neznačené sondy, jednořetězce amplikonu s biotinem a s ním vázaný streptavidinový komplex s enzymem. Po vymytí nespotřebovaných reagencií se v poslední fázi přidává bezbarvý chromogen a reakcí s enzymem v přesně daném místě membrány dojde ke vzniku zbarvení. Membrána se nakonec opláchne demineralizovanou vodou a nechá vysušít. Proces může být manuální nebo automatický s dilutory, scannerem k hodnocením výsledku a možností přenosu obrázku a získaných dat do počítače. CE-IVD souprava by vždy měla obsahovat kontrolní vzorky se známým genotypem. Ideální jsou soupravy obsahující kontroly s různými genotypy a kontrolu bez DNA templátu (demineralizovanou vodu). Související vyšetření: Vyšetření mutace G20210A v genu pro FII Vyšetření Leidenské mutace (G1691A) v genu pro faktor V Vyšetření mutace C677T v genu pro MTHFR Mutace A1298C v genu pro MTHFR Mutace H1299R (R2) v genu pro faktor V Vyšetření 4G/5G genotypu v genu PAI-1
Významné interference:
Popisovány jsou interference heparinu použitého jako antikoagulační činidlo, hemu při hemolytickém vzorku, residua organických rozpouštědel a solí v DNA extraktech, extrémně vysokých koncentrací dvojmocných kationtů. Výsledky nelze uzavřít v případě falešné negativity a falešné pozitivity výsledku PCR. Vyšetření nelze často provést z krve při aplastické anémii, imunosupresi před transplantací kostní dřeně, apod. |