UDP-glucuronosyltransferase, UGT1A1*28, UGT1A1*6

K vyšetření je třeba vzorek venózní krve (2-5 ml) odebrané do vakuované plastové zkumavky s EDTA. Stabilita DNA v biologickém materiálu pro toto vyšetření je obvykle 72 hodin při teplotě 20-25 °C, 7 dní při teplotě 4-8 °C a 3 měsíce při teplotě -20 °C. CE-IVD soupravy by měly být současně vhodné také pro vyšetření DNA získané ze vzorků získaných při amniocentéze či z kultivovaných amniocytů. 

Vyšetření se provádí z DNA extrahované z biologického materiálu manuálními nebo automatizovanými postupy. Nejčastěji jsou založené na práci s extrakčními mikrokolonkami, vysolení DNA či fenol/chloroformové extrakci. DNA se po izolaci charakterizuje spektrofotometricky, fluorimetricky nebo elektroforeticky. Pro dlouhodobější (déle než týdenní) uchování DNA se používá zamrazení vzorku DNA.

Cíl vyšetření: vyšetření variant UGTA1A*6 (exon 1, G71R) a *28 (promotorová oblast, 6/7 TA repetic, TA6, TA7 varianty) v souvislosti se sníženou rychlostí transformace xenobiotik a endogenních látek (bilirubinu) v hepatocytech. 

Přístup z OMIM katalogu (Online Mendelian Inheritance in Man): 191740

Přístupy k vyšetření zahrnují principy analýzu teploty tání, metodou alelické diskriminace, hybridizačními metodami, analýzou restrikčních fragmentů, alelově specifickou amplifikací, Sangerovým sekvenováním nebo sekvenováním nové generace (NGS). CE-IVD soupravy využívají různé přístupy k sekvenování DNA.  

CE-IVD souprava by vždy měla obsahovat kontrolní vzorky se známým genotypem. Ideální jsou soupravy obsahující kontroly s různými genotypy a kontrolu bez DNA templátu (demineralizovanou vodu).

Popisovány jsou interference heparinu použitého jako antikoagulační činidlo, hemu při hemolytickém vzorku, residua organických rozpouštědel a solí v DNA extraktech, extrémně vysokých koncentrací dvojmocných kationtů. Výsledky nelze uzavřít v případě falešné negativity a falešné pozitivity výsledku PCR. Vyšetření nelze často provést z krve při aplastické anémii, imunosupresi před transplantací kostní dřeně, apod.